En mindre del af planområdet ligger inden for udpegningen af lavbundsarealer og oversvømmelsestruede arealer. Inden for de udpegede lavbundsarealer må der ikke tillades forhold, der strider mod gældende lovgivning.
PtX-projektet regnes for kritisk infrastruktur og undtages af retningslinjerne for udpegningen.
I forbindelse med byggemodning vil der ske terrænregulering, således at lavbundsarealer vil blive hævet. Planlægningen indeholder desuden bestemmelser, som skal sikre, at ny bebyggelse og anlæg sikres imod oversvømmelser.
