Havneområderne er oversvømmelsestruede og nedsivning af regnvand er problematisk. De eksisterende havnearealer er hovedsagelig separatkloakeret, så spilde- og processpildevand ledes til Renseanlæg Øst, mens overfladevand fra befæstede arealer hovedsageligt ledes til havet i havneområdet efter forudgående rensning.
Der foreligger en foreløbig vandhåndteringsplan, som angiver at tag- og overfladevand fra op til 80% af planområdet skal renses i regnvandsbassiner og evt. grøfter og lign., hvorefter det afledes til enten Præstegårdsbækken eller Vadehavet, mens 20% af overfladevandet nedsiver inden for planområdet.
Præstegårdsbækken løber åbent gennem planområdet, og har udløb til vadehavet. Det er en vigtig afvandingskanal, der modtager overfladevand fra det separatkloakerede opland i Østbyen, og hvor til der ledes overløb ved ekstrem nedbør. Der kendes ikke til øvrige strømningsveje fra omgivelserne gennem planområdet til vadehavet. Gældende for Præstegårdsbækkens forløb, samt eventuelle andre vandstrømninger gennem planområdet gælder at disse skal respekteres eller omlægges, så afledning af overfladevand til Vadehavet ikke hindres, og derved skaber opstuvning af vand i områder opstrøms planområdet.