EU’s naturbeskyttelsesdirektiver, fuglebeskyttelsesdirektivet og habitatdirektivet pålægger EU's medlemslande at bevare en række arter og naturtyper, som er sjældne, truede eller karakteristiske for EU-landene. Det skal ske ved at udpege særlige områder, hvor disse arter og naturtyper er beskyttede. Habitatområderne og fuglebeskyttelsesområderne udgør tilsammen Natura 2000-områderne.
Det er myndighedens ansvar at sikre sig, at der er tilvejebragt tilstrækkelige oplysninger til at afgøre, om planen/projektet kan skade et Natura 2000-område.
Lokalplanområdet er beliggende umiddelbart op ad Natura 2000-område nr. 89: Vadehavet, hvor udvidelsen af Esbjerg Havn etableres med Etape 5.
I forbindelse med udarbejdelsen af Lokalplan nr. 01-100-0007 for Udvidelsen af Esbjerg Havn, Etape 5, er der udarbejdet en samlet miljøkonsekvensrapport for projektet og miljøvurdering af lokalplanen og kommuneplanændring. I denne rapport indgår en Natura 2000 konsekvensvurdering, hvor påvirkninger af naturtyper og arter på udpegningsgrundlaget for relevante Natura 2000-områder er beskrevet og vurderet. Det konkluderes, at havneudvidelsen ikke vil medføre skade på udpegningsgrundlaget eller bevaringsmålsætninger for Natura 2000-område nr. 89: Vadehavet. Øvrige Natura 2000-områder ligger i så stor afstand fra projektområdet, at der ikke er risiko for, at disse vil blive påvirket af projektet.
I det Etape 5 ligger i forlængelse af nærværende lokalplan, og fjerner den umiddelbare nærhed til Natura 2000-området, vurderes det at konklusionen fra miljøkonsekvensrapport tilknyttet Lokalplan nr. 01-100-0007 også er gældende for nærværende lokalplan, og at der således ikke ske en merpåvirkning af Natura2000-områderne.